Пропонуємо вашій увазі статтю лікаря-анестезіолога та відомого користувача твіттера @Nat_anest, який активно стежить за ситуацію з коронакризою та публікує цікаві треди про нові штами та вакцини. Ми попросили його розказати про новий варіант Омікрон та про те, наскільки наука та світ готові до зустрічі з ним.
На початку листопада 2021 року кілька незалежних одна від одної груп вчених намагалися знайти причину зростання нових випадків COVID-19 на півночі ПАР. У приватній лабораторії Lancet Laboratory помітили, що рутинне застосування ПЛР-тестів не виявляло у багатьох відібраних зразках ключову мету – S-ген. Таке явище спостерігалося минулого року під час хвилі, зумовленої Альфа-варіантом, і виникло припущення, що він знову набирає силу. Коли лабораторія секвенувала перші геноми, вони зрозуміли чому ПЛР-тест не дозволяв виявити цей ген. Мутації. Їх було багато. Занадто багато.
Lancet Laboratory поділилися секвенованими зразками з мережею геномного нагляду Network for Genomics Surveillance (NGS-SA), які також були шоковані кількістю мутацій. Після цього в екстреному порядку було секвеновано 100 випадково вибраних геномів, відібраних від пацієнтів із регіону спалаху. У всіх була та сама картина.
Це було не що інше, як новий варіант. 25 листопада на пресконференції були представлені всі докази його існування, а вже 26 листопада ВООЗ визнала його як такий, що «викликає занепокоєння», і дала йому нове ім’я. Так ми дізналися про Омікрон.
Що таке Омікрон?
Омікрон – це новий варіант SARS-COV2, який містить понад 30 мутацій та відрізняється від усіх попередніх варіантів. Як і раніше, це той само новий коронавірус, але зі зміненими ділянками спайк-білка.
На малюнку червоним кольором виділено мутації Омікрона порівняно з варіантом Дельта.
Основна кількість мутацій припадає на S-білок, і саме це поки що викликає найбільші побоювання. Чому? Справа в тому, що всі вакцини побудовані на виробленні антитіл проти S-білка, того самого, за допомогою якого коронавірус прикріплюється до наших клітин. Але в момент створення вакцин був геном тільки вихідного варіанту, «уханьського», а отже додаткові мутації, які з’явилися у Омікрона, можуть дозволити йому ухилятися від імунної відповіді.
Ми вже знаємо, що ефективність вакцин була знижена при появі варіантів Бета та Дельта через мутації в спайк-білку. Омікрон містить деякі ці мутації плюс має додаткові. Тому питання, яке найбільше зараз турбує вчених з усього світу: “Чи збережеться ефективність поствакцинального імунітету проти Омікрона”?
Відповідь ми отримаємо вже дуже скоро, тому що вчені вже проводять лабораторні експерименти щодо стійкості нового варіанта до антитіл плазми крові вакцинованих.
Звідки з’явився Омікрон?
Якщо ми уважно подивимося на базу геномів, то виявимо, що «батьки» Омікрон варіанта не Дельта, а Альфа, і своїм корінням він сягає 2020 року. Як же так вийшло, що він так довго залишався непоміченим? Для цього потрібно трохи сказати про те, як відбувається пошук нових варіантів.
Варіант визначають шляхом секвенування його геному, тобто виявлення певної геномної послідовності, яка дозволяє віднести виділений варіант до тієї чи іншої групи. А точніше зрозуміти, від якого «прабатька» він походить. З початку пандемії є загальна база геномів, отриманих з усього світу, і лабораторії після секвенування додають виділені варіанти в цю базу. Таким чином, можна в режимі реального часу відстежувати ту чи іншу лінію.
Ми бачимо, що лінія B.1.1.529 у вересні набуває ключових мутацій, які дозволяють цьому варіанту почати стрімке поширення, і так потрапити в поле зору вчених.
Джерело: NextStrain
Чому Омікрон викликає таку увагу, якщо нові варіанти з’являються постійно?
Справа в тому, що Омікрон за попередніми даними набув значно більшої здатності до поширення, ніж була навіть у Дельта-варіанту. Перші дані показують, що частка Омікрона у відібраних зразках зростає експоненційно. Це говорить тільки про одне: він набагато контагіозніший за варіант Дельта, який зайняв практично домінуючий статус.
Уявіть собі, що Уханьський варіант мав базове репродуктивне число R = 2,5-3,5, тобто в середньому один хворий заражав 2,5-3 нових людей. Дельта-варіант мав вже R = 6-8, і одна людина могла заразити вже 6-8 осіб. Це дозволило йому протягом року витіснити майже всі інші варіанти в усіх країнах світу.
На малюнку частка кожного варіанта заснована на секвенованих геномах виявлених коронавірусів.
А Омікрон – це варіант, який дуже швидко почав витісняти Дельту. Це може говорити лише про одне – його R буде точно вищим за 8–10, якщо надалі підтвердиться здатність до поширення. Поки що випадків дуже небагато, буквально сотні, тому потрібно дочекатися, коли їх буде 10–20 тис., тоді можна буде сказати вже точніше.
Саме з цієї причини, коли було оприлюднено перші докази його суперздатності до поширення, багато країн швидко припинили авіасполучення з ПАР, щоб захиститися від проникнення вірусу на свої території. Але вірус уже проник у деякі країни. На даний момент вже 18 країн підтвердили випадки виявлення Омікрона у себе на території.
У Шотландії та Німеччині вже виявлено випадки інфікування, не пов’язані із закордонними поїздками. Це свідчить лише про те, що випадки не завізні, і вже йде передача вірусу всередині країни. Якщо надалі підтвердиться його висока здатність до поширення, то він має потенціал, при якому зможе витіснити дельта-варіант протягом наступного року, і весь науковий світ турбують такі питання:
- Як протікає перебіг хвороби, спричинений новим вірусом?
- Чи вислизає він від імунної відповіді після вакцин чи хвороби?
Відповіді на ці питання ми отримаємо вже дуже скоро, до кінця року. Перші ж повідомлення з ПАР кажуть, що Омікрон протікає трохи інакше, ніж ми звикли. Захворювання проходить легше, переважає слабкість і немає втрати нюху та смаку. При цьому більшість випадків проходить у легкій формі або безсимптомно. Але ці повідомлення можуть виявитися оманливими.
Тому варто розуміти, що, по-перше, вибірка поки дуже невелика, і може бути неоднорідною (літні могли перехворіти раніше, і зараз хворіє молоді). По-друге, там зовсім недавно була руйнівна хвиля, обумовлена дельтою, і багато людей перехворіли, отримали імунітет – вони хворітимуть легше, ніж ті, хто ще не зіткнувся з коронавірусом.
Тому протягом наступних тижнів, коли випадків стане набагато більше, вчені зможуть більш точно описати, як протікає ковід, викликаний Омікроном, у людей різного віку та з різним статусом вакцинації.
Якщо виявиться, що цей варіант переноситься легше, і протікає без серйозних ускладнень, то це стане можливим виходом з пандемії: вірус швидко витіснить всі інші варіанти, і ми будемо переносити його, як і перші 4 типи коронавірусу людини, які відповідальні приблизно за 30% усіх сезонних ГРВІ. Це є позитивний сценарій.
Але є і негативний сценарій, за якого виявиться, що новий варіант не сильно відрізняється від Дельти за тяжкістю перебігу хвороби. У цьому випадку в нас буде ще більша криза пандемії, хвилі будуть ще крутішими, лікарні заповнюватимуться ще швидше.
І є жахливий сценарій. Якщо виявиться, що мутації дозволяють Омікрону вислизати від імунної відповіді, й при цьому він буде викликати таке ж захворювання, як Дельта-варіант. За таким сценарієм багато вакцинованих та тих, хто перехворів, почнуть хворіти повторно, тож ми побачимо ще не одну хвилю, що будуть набагато серйознішими, ніж були до цього.
Що дає надію в цій ситуації?
Зараз світова наукова спільнота та виробники вакцин готові до зустрічі з Омікроном набагато краще, ніж були готові рік тому, коли почав поширюватися Дельта-варіант. Технологія мРНК вакцин дозволяє дуже швидко змінювати їх та адаптувати до нових варіантів.
Геном Омікрона вже секвенований, геномна послідовність, що кодує спайк-білок, включаючи його нові мутації, є у всіх виробників мРНК вакцин. І вони заявили, що зможуть підготувати свої оновлені вакцини через 100 днів. Це дозволить навчити наш організм виробляти антитіла, спрямовані саме на мутований спайк-білок Омікрон-варіанту.
Також не варто забувати про два створені противірусні препарати, молнупіравір та паксловід, спрямовані не на спайк-білок, а на спеціальні ферменти протеази, які беруть участь у діленні вірусу. Саме в цій частині Омікрона відбулася лише одна мутація, тож дуже низька ймовірність того, що ці препарати виявляться неефективними.
Нагадаю, що за попередніми даними клінічних досліджень, монупіравір знижує ризик важкого перебігу ковіда на 30%, а паксловід на 89% при ранньому прийомі, і компанії Merck і Pfizer вже почали виробляти ці препарати, а також дозволять іншим компаніям виробляти їх для подолання коронакризи.
Ми вже точно не перебуваємо в ролі тих, хто наздоганяє коронавірус, як це було в 2020 році. Залишилося дочекатися повніших даних, щоб точно відповісти на запитання про те, як ми житимемо у 2022 році.
Джерело: www.mezha.media